مالیات بر نقل و انتقال املاک یکی از انواع مالیاتهای مستقیم است و به موجب ماده 59 این قانون، نقل و انتقال قطعی املاک به مأخذ ارزش معاملاتی و به نرخ پنج درصد (5%) و همچنین انتقال حق واگذاری محل به مأخذ وجوه دریافتی مالک یا صاحب حق و به نرخ دو درصد (2%) در تاریخ انتقال از طرف مالکان عین یا صاحبان حق، مشمول مالیات است.
طبق ماده 187 قانون مالیاتهای مستقیم، درخصوص نحوه پرداخت مالیات بر نقل و انتقال املاک، صاحبان دفاتر اسناد رسمی مکلفاند قبل از ثبت و یا اقاله یا فسخ سند معامله، مراتب را با شرح و مشخصات کامل و چگونگی نوع و موضوع معامله مورد نظر به اداره امور مالیاتی محل وقوع ملک و یا محل سکونت مودی حسب مورد اعلام و پس از کسب گواهی انجام معامله اقدام به ثبت یا اقاله یا فسخ سند معامله حسب مورد نموده و شماره مرجع صدور آن را در سند معامله قید نمایند.
گفتنی است مطابق تبصره 4 ماده 187 قانون مالیاتهای مستقیم، سازمان امور مالیاتی کشور مکلف شد ظرف مهلت یکسال از تاریخ لازمالاجرا شدن اصلاحیه این قانون (1395/1/1) با اتصال به سامانه ثبت الکترونیک سازمان ثبت اسناد و املاک، نسبت به اعلام میزان بدهی ملک مورد انتقال و امکان اخذ و واریز آن به حساب مالیاتی بهصورت آنی از طریق دفاتر اسناد رسمی اقدام کند. در این راستا سازمان ثبت اسناد و املاک کشور نیز مکلف شد امکان دسترسی برخط به سامانه ثبت الکترونیک سازمان ثبت اسناد و املاک کشور را برای سازمان امور مالیاتی کشور جهت اجرای مفاد این ماده فراهم سازد.
پیش از استقرار سامانه مذکور، گواهی انجام معامله حداکثر ظرف ده روز از تاریخ اعلام دفترخانه، پس از وصول بدهیهای مالیاتی مربوط به مورد معامله از مودی ذیربط از قبیل مالیات بر درآمد اجاره املاک و همچنین وصول مالیات حق واگذاری محل، مالیات شغلی محل مورد معامله، مالیات درآمد اتفاقی و مالیات نقل و انتقال قطعی املاک، حسب مورد صادر میگشت اما اکنون پس از استقرار سامانه مورد اشاره در تبصره 4 امکان صدور گواهی الکترونیکی به صورت برخط و آنی در دفاتر اسناد رسمی برای نقل و انتقال قطعی و قطعی رهنی املاک مسکونی دارای پایان کار با کاربری مسکونی فراهم گشته است.
در حال حاضر و در مرحله نخست این طرح، امکان صدور گواهی الکترونیکی برخط در دفاتر اسناد رسمی برای نقل و انتقال قطعی و قطعی رهنی املاک مسکونی دارای پایان کار با کاربری مسکونی وجود دارد. در مورد سایر املاک، از جمله املاک با کاربریهای غیرمسکونی، املاک فاقد پایان کار یا در دست ساخت، املاکی که نقل و انتقال قبلی آنها بر اساس بند ج ماده ? قانون تسهیل تنظیم اسناد در دفاتر اسناد رسمی انجام شده است (فارغ از نوع کاربری)، املاک فاقد سند تفکیکی و نیز املاک دارای سند تفکیکی که بخشی از عرصه آنها دارای کاربری غیرمسکونی باشد و نیز در موارد انتقال املاک متوفی به وراث، گواهی مالیاتی به صورت برخط صادر نشده و استعلامهای فیزیکی دفاتر اسناد رسمی باید به صورت حضوری در ادارات امور مالیاتی ذیربط پاسخ داده شده و حسب مورد، گواهی مربوط با استفاده از فرمهای مربوطه صادر گردد.
در مورد املاک دارای کاربری مسکونی که فاقد بدهی مالیاتی باشند، پس از ثبت استعلام الکترونیکی دفتر اسناد رسمی در سامانه، مالیات نقل و انتقال قطعی ملک مورد معامله به صورت برخط توسط سامانه محاسبه و اطلاعات قبض مالیاتی به صورت الکترونیکی به دفتر اسناد رسمی ارسال میشود. پس از اعلام بدهی مالیاتی و ارسال اطلاعات پرداخت به دفتر اسناد رسمی، مودی میتواند از طریق دفتر اسناد رسمی برای پرداخت مالیات اقدام نماید.
پس از اعلام وصول برخط بانک عامل، گواهی مالیاتی شامل اطلاعات کامل ملک مورد انتقال صادر میشود. شماره واحدی که از طریق سامانه به این گواهی تخصیص داده شده و به دفتر اسناد رسمی اعلام میگردد، باید به عنوان شماره گواهی مالیاتی در اسناد مربوط لحاظ شود. گواهی مالیاتی موضوع ماده 187 قانون مالیاتهای مستقیم و شماره تخصیص یافته به آن برای مدت سه ماه دارای اعتبار است. چنانچه ظرف این مدت معامله انجام نشود، استعلام مجدد بدهی مالیاتی مورد معامله ضروری است.